La Guerra de la Independencia señaló el comienzo del siglo XIX, muy conflictivo para nuestra Iglesia, que padeció la persecución y la extinción de las órdenes religiosas, que resurgieron muy mermadas, así como las consecuencias de las leyes desamortizadoras (1834 y 1837) que supusieron la total desaparición de las órdenes monásticas masculinas.

Grandes monasterios como la cartuja de Vall de Crist (Altura, Castellón), la abadía cisterciense de Santa María de la Valldigna (Simat de la Valldigna, Valencia) y el cenobio jerónimo de San Miguel de los Reyes (Valencia) sufrieron una ruina de la que sólo algunos, como el último mencionado, se ha recuperado recientemente, convertido en Biblioteca de la Comunidad Valenciana.

A mediados de siglo se inició la recuperación de la vida religiosa con la construcción del nuevo Seminario Metropolitano de la Inmaculada de Valencia por el Cardenal Don Antolín Monescillo y Viso (1890), erigido luego en Universidad Pontificia por el Papa León XIII (1897), bajo la dirección del canónigo Don Niceto Alonso Peruj autor del gran Diccionario de Ciencias Eclesiásticas (1883-1890), que dirigió junto con Juan Pérez Angulo y de una de las mejores ediciones de la Summa Theologica de santo Tomás de Aquino. En ambas obras tuvo otro colaboradores al que llegaría a ser Arzobispo de Sevilla Don Salvador Castellote Pinazo.

Se fundaron también en Valencia nuevas órdenes religiosas de carácter social y educativo como las Adoratrices de Santa María Micaela del Santísimo Sacramento (+1865), las Hermanitas de los Ancianos Desamparados, obra de Santa Teresa de Jesús Jornet (+1897), las Siervas de María Inmaculada, fundadas por la Beata Juana María Condesa Lluch (+1916) y otros institutos de vida consagrada como las Cooperadoras de Betania, Hermanas de la Doctrina Cristiana, Franciscanas de la Inmaculada, Operarias Catequistas, Operarias del Divino Maestro (Avemarianas), Trinitarias, Terciarios (Amigonianos) y Terciarias Capuchinas; así como la fundación de Institutos Seculares como las Obreras de la Cruz, Lumen Christi y Activas del Apostolado Social.

Emblema del nuevo vigor religioso y social de las parroquias fue la virgen seglar de Algemesí Josefa Naval Girbés (+ 1893), beatificada en 1988.

La constante actividad de los misioneros valencianos ofreció a la Iglesia dos nuevos mártires, los Beatos Francisco Bolta y Francisco Pinazo, franciscanos (+ Damasco, 1864).