A medida que los cultos se fueron haciendo más solemnes, iniciaron su andadura los diferentes maestros, quienes, tanto al ingresar en el puesto como al abandonarlo, presentaban sus índices de posesión de partituras y de dejación de las mismas, sin incluir sus propias composiciones, ya que éstas solían llevárselas consigo.

El documento musical más antiguo pertenece a los siglos XIII-XIV: Epístoles farcides o con farcia
(versos cantados con la traducción en valenciano)

Aunque guarda obras de muchos y diversos compositores nacionales, como el sevillano Francisco Guerrero (1528-1599) y Sebastián Aguilera de Heredia (1561-1627) compositor y organista de Zaragoza, y extranjeros, el fondo fundamental lo forman las obras de los mismos maestros organistas de la catedral, especialmente de aquellos que han logrado fama universal: Gines Pérez (1548?-1600), Comes (1568?-1643), Cabanilles (1644-1711), Ortells (1647-1706), Pradas (1689-1757), Rodríguez Monllor (1690-1760), Pons (1768-1818), Cabo (1768-1832), etc. que sumaban hasta el siglo XX 3.500 obras (*).

Posteriormente ha habido varias donaciones que han enriquecido el archivo con multitud de obras del siglo XIX y sobre todo con una gran colección de obras orgánicas especialmente francesas.

Además de las obras polifónicas hay más de cien libros corales con melodías gregorianas, pertenecientes, en general, al siglo XVIII y por lo tanto propias, más bien, del canto llano.

Cf. Fondos musicales de la Región Valenciana I. José Climent Barber, Catedral Metropolitana de Valencia, Instituto de Musicología, Institución Alfonso el Magnánimo. Valencia 1979; Orgens y organistes catedralicis de la València del segle XIX, Valencia 2002 y los textos publicados en Facultad de Teología San Vicente Ferrer. Series Musicológica III: Compositores catedralicios valencianos.