Com en tota l’Església, l’acumulació de beneficis i l’absència dels Bisbes de les seues seus, al costat d’altres alifacs del règim feudal, van ocasionar una decadència i desorientació de la vida religiosa que va tindre com a conseqüència la dolorosa reacció de la Reforma protestant i la vigorosa resposta catòlica que es va iniciar en el Concili de Trento.

Però en la nostra diòcesi ja havia començat abans la vertadera reforma amb l’arribada de l’Arquebisbe Sant Tomàs de Villanueva (+ 1555), religiós agustí, model d’austeritat i caritat, el qual, ajudat per religiosos i sacerdots valencians com el Venerable Anyés, va iniciar la reforma del clergat i del poble, entre altres coses amb la fundació del Col·legi de la Presentació de La nostra Senyora, antecedent dels seminaris tridentins, que encara existeix a València. Aquesta obra reformadora va aconseguir el seu cim amb el llarg pontificat de Sant Juan de Ribera (+ 1611), durant el qual va tindre lloc l’expulsió dels moriscos i la repoblació cristiana de molts territoris.

Aquest sant arquebisbe va voler deixar un testimoniatge de la fe i la pietat catòlica cap a l’Eucaristia propugnada a Trento i expressada en la litúrgia llavors, fundant el Reial Col·legi Seminari de Corpus Christi, que roman a València com a centre espiritual i formatiu de sacerdots, sent alhora un dels seus més bells monuments, on es conserven els costums disposats pel sant Fundador en les seues Constitucions.

L’Església ha reconegut la santedat de diversos religiosos d’aquesta època, com els beats Nicolau Factor (+1583), Andrés Hibernón (+1602), Gaspar de Bono (+1604), Josepa de Santa Agnès (+1696) i els sants Luís Bertran (+1581), evangelitzador i patró de Colòmbia i Pascual Bailón (+1592), patró de les associacions eucarístiques.

Finalment, entre molts valencians que van oferir les seues vides per l’Evangeli en l’extrem Orient, estan el beat Francisco Gálvez (+1632) i Sant Jacinto María Castañeda (+1773).