La Guerra de la Independència va assenyalar el començament del segle XIX, molt conflictiu per a la nostra Església, que va patir la persecució i l’extinció dels ordes religiosos, que van ressorgir molt minvats, així com les conseqüències de les lleis desamortitzadores (1834 i 1837) que van suposar la total desaparició dels ordes monàstics masculins.

Grans monestirs com la cartoixa de Vall de Crist (Altura, Castelló), l’abadia cistercenca de Santa Maria de la Valldigna (Simat de la Valldigna, València) i el cenobi jerònim de Sant Miquel dels Reis (València) van patir una ruïna de la qual només alguns, com l’últim esmentat, s’han recuperat recentment, convertit en Biblioteca de la Comunitat Valenciana.

A mitjan segle es va iniciar la recuperació de la vida religiosa amb la construcció del nou Seminari Metropolità de la Immaculada de València pel Cardenal En Antolín Monescillo y Viso (1890), erigit després en Universitat Pontifícia pel Papa Lleó XIII (1897), sota la direcció del canonge En Niceto Alonso Peruj autor del gran Diccionari de Ciències Eclesiàstiques (1883-1890), que va dirigir juntament amb Juan Pérez Angulo i d’una de les millors edicions de la Summa Theologica de Sant Tomàs d’Aquino. En sengles obres va tindre un altre col·laborador el qual arribaria a ser Arquebisbe de Sevilla En Salvador Castellote Pinazo.

Es van fundar també a València nous ordes religiosos de caràcter social i educatiu com les Adoratrius de Santa María Micaela del Santíssim Sagrament (+1865), les Germanetes dels Ancians Desemparats, obra de Santa Teresa de Jesús Jornet (+1897), les Serves de Maria Immaculada, fundades per la Beata Juana María Condesa Lluch (+1916) i altres instituts de vida consagrada com les Cooperadores de Betània, Germanes de la Doctrina Cristiana, Franciscanes de la Immaculada, Operàries Catequistes, Operàries del Diví Mestre (Avemarianes), Trinitàries, Terciaris (Amigonians) i Terciàries Caputxines; així com la fundació d’Instituts Seculars com les Obreres de la Creu, Lumen Christi i Actives de l’Apostolat Social.

Emblema del nou vigor religiós i social de les parròquies va ser la verge seglar d’Algemesí Josefa Naval Girbés (+ 1893), beatificada en 1988.

La constant activitat dels missioners valencians va oferir a l’Església dos nous màrtirs, els Beats Francisco Bolta i Francisco Pinazo, franciscans (+ Damasco, 1864).