A mesura que els cultes es van anar fent més solemnes, van iniciar la seua marxa els diferents mestres, els qui, tant en ingressar en el lloc com en abandonar-lo, presentaven els seus índexs de possessió de partitures i de desistiment d’aquestes, sense incloure les seues pròpies composicions, ja que aquestes solien portar-les amb ells.

El document musical més antic pertany als segles XIII-XIV: Epístoles farcides o amb farcia
(versos cantats amb la traducció en valencià)

Encara que guarda obres de molts i diversos compositors nacionals, com el sevillà Francisco Guerrero (1528-1599) i Sebastián Aguilera de Heredia (1561-1627) compositor i organista de Zaragoza, i estrangers, el fons fonamental el formen les obres dels mateixos mestres organistes de la catedral, especialment d’aquells que han aconseguit fama universal: Gines Pérez (1548?-1600), Comes (1568?-1643), Cabanilles (1644-1711), Ortells (1647-1706), Pradas (1689-1757), Rodríguez Monllor (1690-1760), Pons (1768-1818), Cabo (1768-1832), etc. que sumaven fins al segle XX 3.500 obres (*).

Posteriorment hi ha hagut diverses donacions que han enriquit l’arxiu amb multitud d’obres del segle XIX i sobretot amb una gran col·lecció d’obres organístiques, fonamentalment franceses.

A més de les obres polifòniques hi ha més de cent llibres corals amb melodies gregorianes, pertanyents, en general, al segle XVIII i per tant pròpies, més aviat, del cant pla.

Cf. Fons musicals de la Regió Valenciana I. José Climent Barber, Catedral Metropolitana de València, Institut de Musicologia, Institució Alfons el Magnànim. València 1979; Orgues i organistes catedralicis de la València del segle XIX, València 2002 i els textos publicats en Facultat de Teologia Sant Vicent Ferrer. Sèries Musicològica III: Compositors catedralicis valencians.